Kanjisub Fansub

Sono passati 12.000 anni dalla fine della prima serie e gli element di tutto il mondo sono nuovamente chiamati a combattere. I nemici, la cui identità è ancora sconosciuta, provengono da un'altra dimensione allo scopo di rapire gli esseri umani. Ultimo baluardo del genere umano è l'organizzazione Neo Deava, che si occupa dell'addestramento degli element, i migliori dei quali vengono selezionati per combattere a bordo dei potenti Aquaria, possenti robot formati dalla fusione di tre astronavi e tre piloti. Esistono due modelli di Aquaria, uno maschile e uno femminile, in quanto è assolutamente vietata la fusione tra sessi diversi, tuttavia, un giorno, durante l'attacco di un nemico potentissimo, una strana coppia di ragazzi riesce a risvegliare il potere proibito dell'Aquarion.